运用南曲和北曲演唱的声腔（包括宋元南戏、元杂剧、明代诸种南曲变体、清代昆曲和高腔剧种等）在音乐结构上都属于曲牌联套的体制，即连缀若干曲子（曲牌）加上尾声而组成一个相对独立的音乐段落，再把诸多音乐段落组织起来，共同表现一个内容主题。宋元明时期形成的大量曲牌是曲牌联套体戏曲音乐借以组合的基础，每一个曲牌都联系着具体的音乐旋律和词体格律。曲牌最初来源于唐宋时期形成的词体音乐，即由词牌演变而来。唐宋时期在歌唱的基础上创造了众多的词牌，其中很大一部分被后世曲牌所吸收。唐宋时期在唱词的基础上又不断创造出各种词牌、曲牌体音乐形式，诸如大曲、鼓子词、转踏、唱赚、诸宫调等，它们也为戏曲积累了丰富的曲牌，并提供了曲牌联套的经验和体例。当然，宋元时期戏曲曲牌的主要来源还是当时在民间不断产生和流行的众多曲调，它们构成南北曲曲牌的主要成分。根据王国维的统计，见于元·周德清《中原音韵》记载的元代北曲曲牌三百三十五个里，有七十五个来自唐宋词牌，十一个来自唐宋大曲，二十八个来自诸宫调，另外约有三分之二来自民间曲调；见于明·沈璟《南九宫谱》收录的宋元明南曲曲牌五百四十三个里，有一百九十个来自唐宋词牌，二十四个来自唐宋大曲，十三个来自诸宫调，十个来自唱赚，十三个可能来自元杂剧，大约有一半来自民间曲调（见王国维：《宋元杂剧考》）。

　　曲牌联套是按照一定的音乐规律进行的组合，其理论依据来自于隋代苏祇婆琵琶八十四调的分类，即把中国古乐理论里的宫、商、角、变徵、徵、羽、变宫等七音，和黄钟、大吕、太簇、夹钟、姑洗、仲吕、蕤宾、林钟、夷则、南吕、无射、应钟等十二律，交相相乘，得出八十四个宫调。这只是一种理论推算，实际运用的宫调数并没有这么多，隋唐燕乐里运用的只有二十八调，宋词和大曲里只用七宫十二调，到了元杂剧里实际运用的只有五宫七调一共十二调，即黄钟宫、正宫、仙吕宫、中吕宫、南吕宫、大石调、小石调、双调、越调、商调、商角调、般涉调，而明传奇里则只用五宫四调（所谓“南九宫”），即仙吕宫、正宫、中吕宫、南吕宫、黄钟宫、大石调、越调、商调、双调。宫调理论实际上是用宫调把众多的曲牌进行分类组合，使每一宫调里隶属的曲牌音乐都具有相近的调式和调性，从而在运用时能够据此而设计整体音乐结构，使串组在同一个音乐结构里的曲牌在音乐风格上不致出现乖舛错讹的缺陷。

　　宋元南戏的曲牌联套并不完全遵从宫调理论，徐渭《南词叙录》所谓“宋人词而益以里巷歌谣，不叶宫调”，“即村坊小曲而为之，本无宫调，亦罕节奏，徒取其畸农、市女顺口可歌而已，谚所谓‘随心令’者，即其技欤？间有一、二叶音律，终不可以例其余”。这是因为南戏音乐多数取自民歌民谣，还没有形成规范的体系而致，但并不等于说南戏曲牌联套没有规律，正如徐渭所说：“南曲固无宫调，然曲之次第，须用声相临以为一套，其间亦自有类辈，不可乱也，如［黄莺儿］则继之以［簇御林］、［画眉序］则继之以［滴溜子］之类，自有一定之序，作者观于旧曲而遵之可也。”按照明人曲谱，［黄莺儿］和［簇御林］都属于商调过曲，［画眉序］和［滴溜子］都属于黄钟过曲，在调式色彩和调性风格上彼此接近，可见宋元人只是凭借经验而从事曲牌联套的工作罢了。从今存三本宋元南戏剧本《张协状元》、《错立身》、《小孙屠》的曲牌结构来看，其联套形式比较杂乱，并没有形成一个规范的样式，特别是后两种还吸收了北曲的成分，反映出南戏音乐的较为随意性和自由性。另外，南戏音乐整体结构的长度没有限制，可以视内容需要而定。

　　元杂剧创作则谆谆遵从宫调规范，决不逾格，这是由于元杂剧的音乐体系直接继承了金代诸宫调等音乐形式的成果，在其形成时就已经极其成熟和健全，并已出现例式化的结构，谱曲填词的人只要按照前人格式进行就可以了。从今天所见到的元刊杂剧剧本来看，其音乐结构例由四套曲子组成，每一套曲子隶属于一个相同的宫调，大体上第一套曲子都用仙吕宫，极少例外；第二套曲子多用南吕宫、正宫或者中吕宫，第三套曲子多用中吕宫、正宫或越调，第四套曲子多用双调。各宫调里曲牌的排列和连接顺序也大体有着一定之规，不过可以参酌运用。

　　明传奇继承了南戏的音乐体制，保留了南戏的许多特点，例如其音乐结构很庞大，通常可以形成几十个套曲相连的局面，每套曲子里不一定要用相同宫调的曲牌，如陈眉公评本《琵琶记》第十出就多次转宫：仙吕人双调［率地锦裆］、［哭歧婆］，越调过曲［水底鱼儿］，正宫［北叨叨令］、［率地锦裆］、［哭歧婆］，仙吕人双调［五供养］、［前腔］，中吕［山花子］、［前腔］、［前腔］、［前腔］、［太和佛］、［舞霓裳］、［红绣鞋］、［意不尽］。直到清初的《长生殿》里，仍然如此，在其五十出戏里，有十四出换了宫调，甚至有四出用了三种宫调。当然不同宫调曲牌的联套不是无条件的，通常要笛色相同的宫调才能联为一套。但是传奇创作在遵循宫调规则方面也逐渐严格起来，这是由于文人不断为南曲制订曲谱格式的缘故，例如嘉靖年间陈氏藏有《九宫词谱》、白氏藏有《十三调南曲音节谱》，又有蒋孝在此基础上整理了《南小令宫调谱》，万历年间又有沈璟再次编订了《南九宫十三调曲谱》，尤其是沈璟的曲谱，在指导以后文人传奇创作中的影响巨大。

　　明代的杂剧已经不完全由北曲来演唱，而大量吸收了南曲的曲调，这个过程开始于元代后期沈和等人开创的“南北合套”，即把北曲曲牌和南曲曲牌相间连接使用，合为一套。到了明代中期，杂剧中运用南曲越来越多，如《太和记》里已经十之七八为南曲，而北曲遗留日益减少，终于出现完全用南曲谱写的杂剧（如王骥德：《倩女离魂》四折）。以后的杂剧创作实际上就都是南曲杂剧了。

　　明代南曲变体声腔里的青阳腔、弋阳腔、太平腔等在民间的长期演出实践中，逐渐发展起一种更为灵活的音乐形式，即在曲牌连套音乐结构的基础上，依照曲词的加滚创造了“滚调”的形式。滚调是在原有曲牌乐调的基础上，于中间和后面添加和五言、七言对句诗相配合的变奏音乐旋律，使之与曲牌音乐结构融为一体。滚唱旋律的板式称为“流水板”（明·王骥德：《曲律·论板眼第十一》），是由当时已经兴起的板式音乐结构借鉴过来的形式，它丰富了原有曲牌音乐的表现力。滚调又发展为“畅滚”，即把“滚”作为完整的音乐段落和曲牌并列使用，而在剧本上标出类似于曲牌表现形式的［滚］或［滚调］的名称，这反映出滚调音乐已经有了独立存在的价值。加滚的特殊效果之一是在人物情绪发生剧烈变化时，能够对之进行酣畅淋漓的渲染和表现，正如清人王正祥所说：“一切悲哀之事，必须畅滚一二段，则情文接洽，排场愈觉可观矣。”（《新定十二律京腔谱·凡例》）滚调在后世高腔剧种音乐里逐渐成熟而变成“放流”的形式，即在经验积累的基础上丰富和发展了曲牌音乐的灵活性，使添加的旋律不再是外在的部分而与曲牌融为一体。畅滚里又逐渐出现了无韵散文体曲文的形式，这使其表达更为随意灵活。

　　明代后期，伴随着秦腔等声腔的兴起，一种新型音乐结构形式——板式变化体戏曲音乐开始风行。板式变化体音乐的特点是在齐言诗的基础上发展起来的以节奏变化为调节音乐旋律手段的音乐体系，与曲牌联套体音乐结构不同，它不是以一支支完整的曲子组合起来，排比连接成为一个大套的音乐结构，而是以一个对称的上下句为基本音乐结构，组成一个乐段，再由若干乐段共同组成一个完整的歌唱结构，长的可达上百句唱词，但有时仅仅一对上下句也可以构成一个独立而完整的曲调。板式音乐通过多种板式的变化来表现不同的情感，其基本板式为三眼板、一眼板、流水板和散板四种，又在此基础上发展出更为复杂的各种反调、倒板等。当剧中人物情感发生剧烈变化时，板式变化体音乐可以通过采取多种板式来使音乐旋律发生大幅度的跳跃，从而满足表现人物情绪的需要。板式音乐对于曲牌体音乐的进步在于它为戏曲所增添的“过门”音乐形式。板式音乐不像曲牌体音乐那样，伴奏和歌唱同时进行（如果有伴奏的话，如昆曲），同时开始又同时结束，伴奏只起到歌唱的和声的作用（所谓“托腔”），而是在歌者开口前先有伴奏者奏出复杂的旋律，调动气氛，酝酿情绪，然后引出歌唱，在每一句歌唱的间歇处也有伴奏旋律的过渡，歌者唱完之后，一定有伴奏最后收结。板式变化体音乐形式是清代以后极度兴盛的梆子、皮黄和其他民间剧种所依赖的形式，它也随着这些声腔剧种的兴盛传播而广为普及。